Satul Brînzeni este atestat în 1606. Moșia acestei vetre străbune, împodobită cu dealurile pitorești Cernița, Brînzeni, Dealul Curții, Ponoare și Rîmbu, este scăldată de râușoarele Racovăț si Draghiște. Lângă sat se află câteva monumente ale naturii, colinele sunt acoperite cu plante aromatice de stâncă- cimbru, ruscuță-vernală, urechelniță, ciucușoară.
,,Aici se găsesc peșteri și grote, care serveau ca adăpost omului preistoric. Cea mai bine cercetată este grota Brînzeni1, aflată în partea stângă a văii râulețului Racovăț, la 3 km sud-vest de sat. Aici s-au efectuat săpături arheologice în 1960, 1963-65 și 1968. În această grotă au fost descoperite trei straturi de cultură. Stratul superior conține ceramică, unelte de piatră și oase de animale, aparținând succesiv eneoliticului (cultura Cucuteni-Tripolie târzie), epocii bronzului și evului mediu. În stratul mijlociu s-au găsit oase de zimbru, cerbi, rozătoare, păsări, pești și broaște- țestoase, unelte de piatră și de os, (nuclee, lame, vârfuri de săgeți ș.a.) care aparțin mezoliticului. În stratul inferior s-au descoperit obiecte de silex: toporașe de mână, răzuitoare mari și mici, lame cu zimți, scobitoare. Straturile de cultură Brînzeni 1 aparțin culturii Selet (începutul paleoliticului superior), răspândită în Europa Centrală, Bulgaria și România’’.
Vestigiile arheologice aici, într-adevăr, sunt foarte bogate și poartă și o informație prețioasă pentru istoria noastră. Așadar, înainte de fondarea satului feudal aici au mai fost încă 21 de așezări umane în diferite epoci ale istoriei. O activitate umană foarte intensă s-a desfășurat în epoca paleoliticului târziu. Până în prezent specialiștii au descoperit 11 stațiuni umane, vechimea cărora este de peste 12 mii de ani î.Hr.
O stațiune umană se află în peștera situată în locul numit Mersîna. Celelalte erau sub cerul liber. Pe locurile stațiunilor se găsesc obiecte făcute din cremene, oase pietrificate, urme de focare, cărbune de lemn și o amuletă confecționată din fildeș în chip de pește. În peștera de la Brînzeni-Mersîna au locuit oameni și mai târziu: în mezolitic (anii12-7 mii î.Hr.), ba chiar și mai târziu în eneolitic, (circa 3 mii a. î.Hr.) în epoca bronzului. Probabil peștera în cauză era folosită de către oameni ce se mutau dintr-un loc în altul.
În epoca timpurie a fierului pe moșia satului Brînzeni a existat doar o așezare umană, care a fost locuită între anii 1000-900 î.Hr. Și acest sat a pierit în flăcări.
După ce a fost părăsită vatra satului din epoca timpurie a fierului, mult timp oamenii n-au mai încercat să organizeze pe aici vreo așezare. Abia după cucerirea Daciei de Imperiul Roman, în a.106 d.Hr., aici s-au fondat 2 sate, care au existat până la năvălirea hoardelor barbare ale hunilor în anul 376. Dar și ele au ars. Din casele făcute din nuiele cu lipitură de lut au rămas numai grămezi de lut ars. Pe aceste locuri până azi se găsesc diferite obiecte tipice pentru epoca romană de pe teritoriu Moldovei.
O informație mai amplă despre Brînzeni ne-o dă recensământul populației din 1774 înfăptuit de administrația militară rusă. Pe atunci satul era alcătuit din 31 de curți, au fost scutiți de impozite numai popa Maftei și dascălul Pavel, celelalte 29 de familii fiind supuse unui bir greu. Printre birnici întâlnim nume expresive de moldoveni ca: Vasile Țurcanu, Gheorghe Cara, Simion Artene, Mihalachi Șoimaru, Toader Roina.
La 27 iulie 1775 preotul Ioan din Romăncăuți este orânduit la Brînzeni la biserica ce avea hramul Sf. Parascheva. În 1795 Enache Stroescu ,venind cu turme de oi din Transilvania , s-a pricopsit cu pământ la Brînzeni, Trinca, Zăicani și Stolniceni.
În 1816 preotul Iacov Zugravu, meșter iscusit în pictură , împrumută bani și zugrăvește pereții bisericii din Brînzeni. În 1869 aici s-a deschis școala parohială , care peste 12 ani, în 1881, a fost inclusă în sistemul Ministerului învățământului public.
În 1870 Brînzeni din volostea Zăbriceni se înfățișează în registrele statistice ca o localitate mare și bogată:141 de case cu 483 de bărbați și 474 de femei. Ei posedau 400 de vite cornute mari, 1070 de oi, 70 de cai de tracțiune . În 1876 țăranii de aici dispuneau de 39 de pluguri, 32 de boroane și 54 de care cu boi. Până în anul 1876 cea mai mare parte a moșiei satului aparține familiei Botezatu, mai apoi ea a trecut în posesia boierului Vasile Stroescu.
Dicționarul geografic al Basarabiei, editat de Zamfir Arbore în 1904 la București, ne informează:,,Brînzeni sat din județul Bălți, așezat între Burdujeni și Heredeuca. Aparține volostei Zăbriceni și se află tocmai în valea Brînzenișoara, lângă râul Racovăț. Sat mare de 151 de case, o biserică cu hramul Sf. Mihail, o școală cu o clasă unde se învață rusește. Populațiunea 893 suflete de țărani români.
În 1931-1932 la Brînzeni activa o școală de agricultură, 4 băcănii, 5 mori și 2 oloinițe, proprietate particulară a lui Gheorghe Bejenaru, Ion Chihai, Gheorghe Munteanu, Vasile Rotaru, Alexandru Tincu. Școala agricolă dispunea de tehnică, ateliere și laboratoare, un câmp experimental de 200 ha.
În toamna anului 1940, după ce trupele sovietice întinseră la Prut gard de sârmă ghimpată cu pichete de grăniceri, în Brînzeni au fost înregistrați 1321 de locuitori, dintre care 1301 erau români. În anii teribili de război și foame nu și-a întrerupt activitatea școala agricolă din Brînzeni, transformată mai apoi în azil pentru invalizi.
Valurile masive de deportări din anii1940 și 1949 n-au încetat nici în 1951. Printre cele 723 de familii deportate la 1 aprilie 1951 în cadrul operațiunii ,,Nord,, erau și 9 familii de credincioși de confesiune iehovistă din Brînzeni.
În total din Brînzeni au fost ridicate 12 familii: Sofia Bejenaru, Valentina Bejenaru, Nadejda Cuznețov, Elizaveta Gurău, Gheorghe Ostroeț,Vera Palamarciuc, Iulia Pîslaru, Anastasia Savițchi, Oleg Scalețchi, Vera Stanchevici, Daria Țurcanu, Ion Ungureanu.
Locuri pitorești:
,,MORMÂNTUL URIEȘULUI’’
Stânca Țuguieta (Țugurlanu)
Stânca Morii
Stânca Râmbului
Grotele Brînzeni
Recifele Brînzeni
